Le son de Nick est largement dominé par l'utilisation de guitares de type Stratocaster. Il a grandi en les utilisant et, par conséquent, il a construit son style et sa sonorité autour du son bien spécifique des micros simple bobinage en particulier celui position manche bien crémeux et crunchy des Stratocaster.

La guitare principale actuelle de Johnston est son nouveau modèle signature Schecter - Nick Johnston USA Traditional. Un instrument magnifiquement fabriqué à la main, c’est l'aboutissement des années d'expérience de Nick avec le design "Stratocaster".

Habituellement on a connu Schecter plutôt orienté vers la fabrication de guitares axées métal avec des sons et un look qui ne font pas dans la dentelle. Mais le modèle signature Nick Johnston se démarque du catalogue de la marque avec un son plus doux et chaud et un look vintage. Doté d'un corps en aulne et d'un manche en érable surmonté d'une touche en ébène, il conserve le style traditionnel mais ajoute une touche de modernité avec notamment son Tremolo Schecter Vintage à 2 points, ses 22 frettes (Dunlop 6100 Jumbo), son profil de manche en « C mince », un sillet GraphTech, des tuners verrouillables Schecter/Hipshot, des micros Diamond signature Nick Johnston et des repères sur la touche « Silver ring » très soignés.

Côté pédales d'effets Nick a déclaré à plusieurs reprises qu'il aimait le son pur qu'une guitare directement branchée dans un ampli lui donne. Alors qu'il utilise occasionnellement un overdrive, l'album mentionné précédemment a été fait entièrement avec le son pur de l’ampli. Lorsque quelque chose demande un peu plus de "oomph", l'overdrive de choix de Nick pendant le live était la MXR Super Badass.

Les cordes de Johnston sont des D'Addario Nickel Wound XL 10-46, mais il lui arrive d'utiliser des 9. Lors d'une récente tournée, il a utilisé les nouvelles cordes D'Addario NYXL series 10's au lieu des XL's standards.
Son choix de médiator est le DunlopTortex Standard .88mm.